创建于光绪二十六年，创始人之一戚庆才牧师为全国三自爱国运动发起人之一。最早教堂坐落在虹口四川北路，八一三事变后，迁到王家沙花园（今北京西路），后有迁至陕西北路口平安大戏院二楼，1941年迁址至如今的陕西北路375号。1958年实行联合礼拜，怀恩堂成为静安区唯一的联合礼拜教堂。1994年，被市政府列为市级建筑保护单位。因年久损坏，1998年起在静安区基督教两会的领导下（静安区基督教三自爱国会主任戚长毅是戚庆才牧师的儿子，是修复工程的主要负责人），进行修建，2002年全部竣工。现大堂可容纳信徒1300多人。静安区现有基督教信徒9000多人。

　　怀恩堂地处静安南京路商业商务金三角，其旁边是宋氏故居。还有教堂修复以后，前来礼拜的海外人士逐渐增多，影响进一步扩大，已成为上海基督教外事接待的主要窗口之一。